1．因膽固醇及其生物合成中的其它產物是胎兒發育（包括膽固醇及細胞膜合成）的必要成分，而阿托伐他汀鈣可減少膽固醇及其衍生物的合成，故育齡婦女只有在極不可能懷孕并了解藥物的潛在危險時才可用本品。如果用藥期間懷孕，應停藥并告知病人該藥對胎兒的潛在危險。
2．HMG-CoA還原酶抑制劑同其它降脂藥一樣，與肝功能的生化異常有關。建議在治療前、治療開始后6周和12周或提高劑量時測肝功能，長期治療時，定期（如每年）測肝功能。肝酶改變通常在用阿托伐他汀鈣頭三個月出現，肝酶升高的病人應進行調整直到恢復。ALT或AST升高超過正常3倍時建議減少劑量或停藥。飲大量酒精或有肝病史的病人應慎用阿托伐他汀鈣。
3．當病人有廣泛的肌痛、肌緊張、肌無力或CPK顯著升高時，應考慮是否為肌病引起。病人應隨時報告不明原因的肌痛、肌緊張或無力，特別是有不適和發燒時。當CPK水平明顯升高、確診或懷疑為肌病時應停用阿托伐他汀鈣治療。
4．其它同類藥與環孢菌素、葉酸衍生物、紅霉素、尼克酸或吡咯類抗真菌藥合用時會增加肌病發生的危險，當醫生考慮阿托伐他汀鈣與以上這些藥合用時應仔細權衡利弊，并嚴密監護病人出現的肌痛、肌緊張或無力等癥狀，特別是治療初期和增加任一藥的劑量時，也可采取定期測CPK，但這并不能保證不發生嚴重肌病。
5．對于有急性嚴重癥狀提示為肌病者，或有橫紋肌炎繼發急性腎衰的危險因素（如嚴重急性感染、大手術、受傷、嚴重的代謝、內分泌、電解質紊亂以及未控制的癲癇發作）的患者，應停用阿托伐他汀鈣。
6．HMG-CoA還原酶抑制劑與那些可能降低內源性固醇類激素水平或活性的藥如螺內酯同時應用應謹慎。

當他汀類藥物與環孢素、纖維酸衍生物、大環內酯類抗生素（包括紅霉素）、康唑類抗真菌藥或煙酸合用時，發生肌病的危險性增加。在極罕見情況下，可導致橫紋肌溶解，伴有肌球蛋白尿而后繼發腎功能不全。因此，應仔細權衡合用的風險－收益比（見[注意事項]）。
細胞色素P450 3A4抑制劑 ：阿托伐他汀經細胞色素P450 3A4代謝。本品與細胞色素P450 3A4抑制劑（環孢素、紅霉素和克拉霉素等大環內酯類抗生素、伊曲康唑等康唑類抗真菌藥及HIV蛋白酶抑制劑）合用時，可能發生藥物相互作用，合并用藥導致阿托伐他汀血漿濃度增加。所以，當阿托伐他汀與上述藥物合用時尤應注意（見[注意事項]）。
P-糖蛋白抑制劑 ：阿托伐他汀和阿托伐他汀代謝物是P-糖蛋白基質。P-糖蛋白抑制劑（如環孢素）可增加阿托伐他汀的生物利用度。
紅霉素、克拉霉素 ：阿托伐他汀每日1次10 mg分別和細胞色素P450 3A4抑制劑紅霉素（500 mg，每日4次）或克拉霉素（500 mg，每日2次）聯合應用，阿托伐他汀的血漿濃度增高。克拉霉素分別使阿托伐他汀的最大血藥濃度（Cmax）和藥時曲線下面積(AUC)增加56％和80％。
伊曲康唑 ：合用阿托伐他汀40 mg和伊曲康唑200mg/日，可導致前者AUC增加3倍。
蛋白酶抑制劑 ：蛋白酶抑制劑與阿托伐他汀合用時，增加阿托伐他汀血藥濃度。
柚子汁 ：包含抑制細胞色素P450 3A4的一種或更多成份，可增加經過該酶代謝的藥物血漿濃度。攝入240 mL柚子汁使阿托伐他汀AUC增加37％，活性對羥基代謝物AUC降低20.4％。但是，攝入大量柚子汁（每日飲用超過1.2升，連續5日）增加阿托伐他汀和活性（阿托伐他汀和代謝物）HMG-CoA還原酶抑制劑AUC分別為2.5倍和1.3倍。所以，建議服用阿托伐他汀者不應同時攝入大量柚子汁。
細胞色素P450 3A4誘導劑 ：細胞色素P450 3A4誘導劑（利福平、苯妥英）對本品的作用不詳。本品與該同工酶的其他底物間可能的相互作用不詳，但對治療指數窄的藥物如III類抗心律失常藥物（胺碘酮）應予注意。
其他聯合治療 ：
吉非貝齊/纖維酸衍生物 ：纖維酸衍生物可增加阿托伐他汀誘發肌病的危險。根據體外研究結果，吉非貝齊抑制阿托伐他汀的葡萄糖醛酸代謝途徑，這可能導致阿托伐他汀血漿濃度升高（見[注意事項]）。
地高辛 ：本品10 mg與多個劑量的地高辛聯合用藥時，地高辛的穩態血漿濃度不受影響。本品每日一次80 mg與地高辛聯合用藥時，地高辛濃度增高約20％。這是由于細胞膜轉運蛋白P-糖蛋白受到抑制。患者服用地高辛應適當監測。
口服避孕藥 ：本品與口服避孕藥合用時，炔諾酮和乙炔雌二醇的血漿濃度增高。選用口服避孕藥時應注意其濃度增高。
考來替泊（消膽胺） ：考來替泊與本品合用時，阿托伐他汀及其活性代謝產物的血漿濃度下降約25％，但二藥合用的降脂效果大于單一藥物使用的降脂效果。
抗酸劑 ：本品與含有氫氧化鎂和氫氧化鋁的口服抗酸藥混懸劑合用時，阿托伐他汀及其活性代謝產物的血漿濃度下降約35％ ；但其降低低密度脂蛋白膽固醇的作用未受影響。
華法林 ：本品與華法林合用，凝血酶原時間在最初幾日內輕度下降，15日后恢復正常。即便如此，服用華法林的患者加服本品時應嚴密監測。
氨替比林 ：本品多個劑量與氨替比林聯合用藥時未發現對氨替比林清除的影響。
西咪替丁 ：有關本品與西咪替丁相互作用的研究未發現二者之間存在相互作用。
氨氯地平 ：聯合應用阿托伐他汀80 mg和氨氯地平10 mg，在穩態濃度時，阿托伐他汀的藥代動力學無改變。
其他 ：本品與降壓藥或降糖藥物合用的臨床試驗中，未發現有臨床意義的藥物相互作用。